Ci siam trovati in ufficio a dover aggiornare l’accoppiata PHP/MySQL per il deployment di un paio di applicazioni bio-informatiche in corso di sviluppo.

I nostri sistemi, per N ragioni, sono ancorate al mondo rpm; quindi Red Hat Enterprise Linux ed il suo clone “free (as in beer)” CentOS e il loro lento ciclo di update hanno prodotto la situazione per cui o affrontavamo l’aggiornamento “a mano” di 10 nodi con ricompilazione dei sorgenti, oppure adottavamo la strategia dell’adozione di un repository esterno alla distribuzione.

Dopo un’indagine abbastanza veloce abbiamo deciso di affidarci al lavoro, pluriannuale e ben noto, di Remi Collet. Una veloce ripassata a yum e ai suoi plugin ed i pacchetti erano installati, con la piccola rogna di un problema con le dipendenze di php-mysql (probabilmente dovuta all’aggiornamento in fasi distinte di PHP prima e MySQL poi).

Risolto quello son passato ad esaminare MySQL e i database da esso gestiti, incontrando il simpatico errore qui sotto riportato:

ERROR 1146 (42S02): Table ‘mysql.servers’ doesn’t exist

when you do a simple FLUSH PRIVILEGES;

Son quindi corso ai ripari con una veloce ricerca su Google che mi ha convinto della necessità di applicare SEMPRE, indipendentemente dal metodo di aggiornamento utilizzato (tar.gz, deb o rpm), il comando mysql_fix_previleges_tables assieme alle altre indicazioni che si trovano nella documentazione ufficiale PRIMA di fare altre operazioni sui database..

Nella fattispecie impartendo il comando:

/usr/bin/mysql_fix_privilege_tables --password=$your-mysql-root-password

ha risolto il mio problema.

Alternativamente una soluzione avrebbe potuto essere quella proposta in questo post, ma come ho detto non c’è stato bisogno di fare altre operazioni.